2017年12月，市财政局会同市科委对原《上海市科研计划专项经费管理办法》进行了修订，并印发《上海市科研计划项目（课题）专项经费管理办法》

修订后《办法》共有五章，三十二条，与原办法相比，主要修订内容如下：
    （一）在简政放权方面
    1．简化了部分项目的预算编制。将“差旅费”、“会议费”和“国际合作与交流费”三个科目进行合并，由项目承担单位和科研人员结合科研活动实际需要编制预算并按规定统筹安排使用，其中不超过直接费用10%的，不需要提供预算测算依据。
    2．改进了高校、科研院所教学科研人员差旅费管理。高校、科研院所可根据工作实际需要，研究制定差旅费管理办法，合理确定教学科研人员乘坐交通工具等级和住宿费标准。对野外考察、心理测试等科研活动中无法取得发票或者财政性票据的，在确保真实性的前提下，可按实际发生额予以报销。
    3．完善了高校、科研院所会议费管理。高校、科研院所举办的业务性会议，由高校、科研院所合理制定相关管理办法、标准等。邀请国内外专家、学者等参加会议的，可在会议费等费用中报销城市间交通费、国际旅费。
    （二）在规范管理方面
    1．完善了间接费用的核定口径。参照财政部计算口径，将“间接费用”的核定口径，从原来的“不得超过专项经费资助总额的10%”调整为“不得超过专项经费直接费用的12%”（调整后单位“间接费用”的实际核定额与调整前基本一致），同时进一步加大对科研人员的激励力度，取消了间接费用中绩效支出比例限制。
    2．明确了结转结余资金留用处理方式。项目实施期间，年度剩余资金可结转下一年度继续使用。项目完成任务目标并通过验收后，结余资金按规定留归项目承担单位使用，在2年内由项目承担单位统筹安排用于科研活动的直接支出；2年后未使用完的，按规定收回。
    3．进一步创新了科研项目经费管理方式。明确项目承担单位要建立健全科研财务助理制度，为科研人员在项目（课题）预算编制和调剂、经费支出、财务决算和验收等方面提供专业化服务。
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